זיהומים נרכשים בבתי חולים נגרמים על ידי חיידקים, נגיפים (ווירוסים) או פטריות.
הטיפול התרופתי שניתן תלוי בגורם לזיהום.

זיהומים מחיידקים
חיידקים הם יצורים זעירים (מיקרואורגניזמים). הם כה קטנים, ששורה של 1,000 חיידקים יכולה להיכנס במחק של עפרון. מרבית החיידקים אינם מזיקים לנו והם אפילו חיוניים להישרדות שלנו. רק 1% מהחיידקים הקיימים הם חיידקים מזהמים.
חיידקים מזהמים מתרבים במהירות בגוף ורבים מהם מפרישים כימיקלים ורעלים שעלולים להרוס רקמות ולגרום למחלות.
הטיפול בזיהומים מחיידקים בדרך כלל מבוסס על אנטיביוטיקה.

זיהומים מפטריות
פטריות הן יצורים זעירים (מיקרואורגניזמים) הנמצאים בכל מקום. יש מיליוני סוגים של פטריות על פני כדור הארץ, אבל רק כ-300 מהן ידועות כמחוללות מחלה.
פטריות חיות בחוץ, באדמה, על צמחים ועצים, בתוך הבית ואפילו על עור גופינו. זיהומים פטרייתיים נגרמים לרוב על ידי פטריות מיקרוסקופיות שנפוצות באוויר.
זיהומים פטרייתיים קלים הם דבר נפוץ והם עשויים להיראות כפריחה.
זיהומים פטרייתיים בריאות יכולים להיות רציניים יותר ופעמים רבות גורמים לתסמינים הדומים למחלות אחרות, למשל שפעת או שחפת.
זיהומים פטרייתיים בדם או בקרום המוח פחות נפוצים אבל הם עלולים לסכן חיים. קשה להרוג פטריות. ישנן משחות מקומיות שאותן ניתן למרוח במקרים של זיהום בעור או בציפורניים.
במקרים חמורים יותר יש תרופות אנטי-פטרייתיות שניתן לקחת דרך הפה או דרך הוריד.

זיהומים מנגיפים (וירוסים)
נגיפים הם יצורים זעירים הגורמים למחלות זיהומיות נפוצות כגון התקררות, שפעת ויבלות. מחלות אלה מכונות מחלות ״ויראליות״ או ״נגיפיות״. נגיפים עלולים לגרום גם למחלות חמורות כגון HIV/איידס או אבולה. נגיף פולש לתאים חיים ותקינים בגוף ומשתמש בהם כדי לשכפל את עצמו.
תהליך זה יכול להרוג, להרוס או לשנות תאים ולגרום למחלות. נגיף לא תמיד יגרום למחלה מכיוון שמערכת החיסון מסוגלת להרוג נגיפים. הטיפול שניתן כנגד רוב המחלות הוויראליות רק מקל את התסמינים בזמן שמערכת החיסון נלחמת בנגיף. אנטיביוטיקה לא יעילה כנגד זיהומים וויראליים. ישנם טיפולים אנטי-ויראליים ויש חיסונים היכולים לסייע במניעת מחלות ויראליות שונות.