ישנן פטריות שהן עמידות באופן טבעי לטיפולים מסויימים. זנים אחרים של פטריות יכולים לפתח עמידות בעקבות שימוש לא מתאים בנוגדי פטריות, למשל מינונים נמוכים מדי או משך טיפול קצר מדי.

זיהומים נפוצים הנגרמים מפטריות העמידות לטיפול כוללות:

קנדידיאזיס (Candidiasis)

זיהום פטרייתי הנגרם על ידי שמרים השייכים למשפחת הקנדידה (Candida). שמרי קנדידה בדרך כלל חיים במעיים, ברקמות ריריות ובעור, מבלי לגרום לזיהום. עם זאת, התרבות של קנדידה עשויה לגרום להתפתחות תסמינים. יש יותר מ- 20 סוגים שונים של קנדידה שיכולים לגרום לזיהום בבני אדם.

נוגדי פטריות נפוצים פעמים רבות אינם משפיעים על קנדידה, זאת מכיוון שישנם זנים של קנדידה שפיתחו עמידות כנגד כל שלושת הסוגים של נוגדי פטריות. ישנו סוג מסויים של פטריית קנדידה שאותו קשה לזהות באמצעות בדיקות מעבדה רגילות, והיא מתפשטת בקלות במרכזים רפואיים כגון בתי חולים.

אספרגילוזיס (Aspergillosis)

אספרגילוזיס הוא זיהום הנגרם על ידי הפטריה אספרגילוס (Aspergillus). אספרגילוס הוא עובש נפוץ שחי בחוץ ובבית.
מרבית האנשים נושמים את העובש בכל יום מבלי לחלות. עם זאת, אנשים עם מערכת חיסונית חלשה או מחלת ריאות נמצאים בסיכון גבוה יותר לפתח בעיות רפואיות בשל אספרגילוס, כמו למשל תגובה אלרגית, זיהומים בריאות וזיהומים של איברים אחרים.

מוקורמיקוזיס(Mucormycosis)

מוקורמיקוזיס הוא שם המתייחס למחלות הנגרמות על ידי פטריות מסוג מוקוראלס (Mucorales). מרבית הזיהומים מפטרייה זו הם מסכני חיים. קבוצות הסיכון להידבקות בפטרייה זו הם חולי חמצת קטוטית סוכרתית או נויטרופניה (אנשים עם מספר נמוך באופן חריג של נויטרופילים). הזיהום השכיח ביותר הוא זיהום חמור בסינוסים בפנים שעלול להגיע למוח. פטרייה זו גורמת גם לזיהומים בריאות, בעור ובמערכת העיכול.